Изменения в конструкции
Предлагались семь вариантов бензиновых двигателей, рабочим объёмом от 1,8 до 2,2 л, с четырьмя и пятью цилиндрами, мощностью от 55 кВт/75 л. с. до 121 кВт/165 л. с., а также 5-цилиндровые дизель 51 кВт/70 л. с. и турбодизель 64 кВт/87 л. с. Все бензиновые моторы в соответствии с экологическими требованиями оснащались трёхкомпонентным каталитическим нейтрализатором (катализатором) отработавших газов.
С января 1988 года в трансмиссии полноприводных модификаций quattro произошла принципиальная перемена. Межосевой дифференциал с коническими шестернями и принудительной блокировкой был заменён червячным самоблокирующимся дифференциалом Torsen. Задний дифференциал отныне блокируется отдельной клавишей. С этого времени вместо четырёхступенчатых механических коробок передач устанавливаются пятиступенчатые.
В январе 1990 года дебютировала версия Audi 100 2.5 TDI с одним из первых в мире дизелей непосредственного впрыска с турбонагнетателем, мощностью 88 кВт/120 л. с. Исторической аббревиатурой TDI начали обозначать все турбодизельные модели группы Volkswagen.
Производство рестайлинговой версии седана Audi 100 C3 на заводе в Неккарзульме прекращено в мае 1990 года, модификацию Avant выпускали до 21 декабря 1990 года.